調解原則上由行政法院選任調解委員1到3人進行調解，調解委員是法院引進的外部輔助人力，由於承審法官對於案件的情況知之甚詳，因此是由法官依照事件類型選任適當的調解委員進行調解，法官在認為適當時，也可以直接由法官進行調解，並由法官提出調解方案（行政訴訟法第228條之3第1項）。
調解是否能成功，有賴於當事人對於調解委員的信賴，當事人對於法院所選任的調解委員有疑慮時，可以提出異議，由法官另行選任，然當事人並無得合意選任調解委員的權利（行政訴訟法第228條之3第2項、行政訴訟法第228條之6未準用民事訴訟法第406條之1第3項）。
和解與調解的最大差異在於，和解是由承審法官在訴訟程序中隨時試行，調解則須停止進行訴訟程序（行政訴訟法第228條之6準用民事訴訟法第420條之1第2項），承審法官會選任外部人士擔任調解委員，由調解委員先進行調解，等到調解有望成立或有其他必要情形時，再請法官到場確認或促成調解，僅於必要時始由法官調解（行政訴訟法第228條之3）。由於承審法官無須全程在場，且調解地點彈性，相較於爭訟的對立氣氛，調解程序氣氛較為和緩，有助於當事人自主解決紛爭。又為促使當事人在調解過程中能毫無保留地暢所欲言，實質解決紛爭，調解委員或法官所為的勸導及當事人所為的陳述或讓步，在調解不成立後的本案訴訟，法院不得作為裁判的基礎（行政訴訟法第228條之6準用民事訴訟法第422條）。
到法院打官司提起訴訟，是由法官依照法律規定，透過訴訟程序以判決的方式認定當事人是非對錯，當事人必須蒐集證據、提出證據、繳納裁判費、到法院進行訴訟程序，花的時間會比較久，而且判決結果一造勝訴、一造敗訴，甚至可能雙方都不滿意。而調解制度的好處在於，調解是在具有專業知識的調解委員的協調下，當事人之間互相讓步，尋求一個大家都可以接受的解決方案。此外，調解成立與確定判決具有相同效力，參與調解的當事人不得就相同的事件再為爭執或嗣後為與調解內容相歧異的主張，行政法院亦不得再受理相同的事件或為與調解內容相歧異的認定（行政訴訟法第228條之5準用第222條再準用第213、214、216條），而且如果成立調解的其中一方不履行調解內容時，另一方可以直接持調解筆錄向法院聲請強制執行（行政訴訟法第305條第4項）。因此，調解可以達到紓解訟源與減輕司法負擔的效果，也可以使當事人避免花費許多勞力、時間及費用進行爭訟，達成三贏的局面。
都市計畫審查程序是沿襲德國行政法院法第47條法規審查程序的制度，第一審管轄法院均為高等行政法院高等行政訴訟庭，如不服其所為的裁判，得向最高行政法院提起上訴救濟，採二審級制。
（一）與原告利害關係相反的第三人得依行政訴訟法第237條之23第1項規定參加訴訟。且依同條第3項規定，此等參加訴訟的第三人享有訴訟當事人的地位，使其得依法行使訴訟當事人的程序上權利。
（二）與原告利害關係相同的第三人得依行政訴訟法第237條之24第1項規定參加訴訟。法院就個案情形認有必要由該第三人輔助原告時，得依職權命其參加訴訟。第三人亦得聲請參加訴訟。前述具利害關係的第三人應包括機關代表國家或地方政府權利主體地位，立於與人民同一的地位而受都市計畫影響的情形。
訴訟標的金（價）額150萬元以下的通常訴訟程序事件、簡易訴訟程序事件、交通裁決訴訟程序事件的當事人，上訴於高等行政法院高等行政訴訟庭審理期間，依行政訴訟法第263條之4第2項規定，認為足以影響裁判結果的法律見解，先前裁判的法律見解已產生歧異，得向受理本案的高等行政法院高等行政訴訟庭聲請裁定移送最高行政法院為統一見解的裁判。此時程序上準用行政法院組織法第15條之4規定，應委任律師為訴訟代理人。
行政訴訟法第263條之4所稱「有確保裁判見解統一之必要」，是指本案足以影響裁判結果的法律見解，和先前裁判的法律見解產生差異，而有統一裁判見解的必要的情況。包括最高行政法院未經統一的裁判相互間、相同或不同高等行政法院高等行政訴訟庭第二審裁判相互間或最高行政法院未經統一的先前裁判與高等行政法院高等行政訴訟庭第二審裁判相互間有法律見解的積極歧異，而有確保裁判見解統一的必要，即應以裁定移送最高行政法院裁判。
原則上，受理上訴事件的高等行政法院高等行政訴訟庭得以裁定移送最高行政法院請求作成裁判，惟鑑於當事人是訴訟程序主體，為保障當事人的程序參與權，行政訴訟法賦予當事人「促請」受理上訴事件的高等行政法院高等行政訴訟庭，發動職權裁定移送最高行政法院的權利，亦即為了確保裁判見解統一的必要，並避免當事人濫行聲請，增加高等行政法院高等行政訴訟庭的負擔，如當事人認為足以影響裁判結果的法律見解，和先前裁判的法律見解已經產生歧異，可以用書狀表明下列各款事項，向高等行政法院高等行政訴訟庭聲請移送最高行政法院作成裁判：「一、涉及之法令。二、法律見解歧異之裁判。三、該歧異見解對於裁判結果之影響。四、所持法律見解及理由。」（行政訴訟法第263條之4第2項準用行政法院組織法第15條之4）。
另須注意，當事人對於高等行政法院高等行政訴訟庭移送的裁定或是駁回其聲請移送的裁定，均不得聲明不服（行政訴訟法第263條之4第3項）。
最高行政法院統一法律見解，目的在於確保法律適用的一致性，以維護裁判的透明及可預測性。現行制度下，以最高行政法院作為終審法院的事件，如有裁判見解統一必要時，得透過大法庭制度予以處理。
然以高等行政法院高等行政訴訟庭作為終審法院的事件，就各高等行政法院各庭見解歧異的問題，亦有裁判見解統一的必要。依行政訴訟法第263條之4第1項規定，高等行政法院高等行政訴訟庭於受理上訴或抗告事件，認有確保裁判見解統一的必要時，應以裁定將案件移送最高行政法院裁判。透過最高行政法院統一裁判見解，增加裁判結果的可預測性，進而維護法安定性。
最高行政法院法官所提出的不同意見書，性質上是法官針對抽象法律問題所提出的法律意見，並非針對個案所為的判斷，且不同意見書本身並非個案裁判，因此當事人對於不同意見書不服，不得提起救濟。
最高行政法院所為終審確定裁判具有統一法律見解的功能，參與評議的法官對於該裁判所表達的法律上意見，無論是多數或少數意見，均有參考價值。如參與評議的法官對於裁判主文或理由的法律上意見與多數意見不同（包括贊成裁判主文，而對其理由有補充或不同法律意見，或對於裁判主文表示一部或全部不同法律意見），已於評議時提出，經記明於評議簿，並於評議決定後3日內補具書面者，得於裁判書附記公開該不同意見（行政訴訟法第259條之1）。
智慧財產及商業法院設置智慧財產法庭，專門負責審理相關智慧財產案件。其依智慧財產及商業法院組織法第3條規定，審理專利法、商標法、著作權法、光碟管理條例、營業秘密法、積體電路電路布局保護法、植物品種及種苗法或公平交易法與智慧財產權益相關所生第一、二審民事事件、第一審刑事案件（限一般營業秘密案件、國安營業秘密案件）、第二審刑事案件、第一審行政事件及強制執行事件，以及其他依法律規定或經司法院指定由智慧財產及商業法院管轄的智慧財產案件。
參照智慧財產案件審理法第46條規定，其特色如下：
智慧財產權利人為禁止侵害人繼續製造、販賣及銷售等行為，實務上常聲請定暫時狀態處分，但智慧財產權的產品，例如半導體等高科技產業，於市場上的替換週期短暫，商機稍縱即逝。為避免定暫時狀態的處分遲遲未有結果，造成權利狀態不確定，智慧財產案件審理法（下稱智審法）特別規定，聲請人應自定暫時狀態的處分送達之日起「14日」不變期間內，向為定暫時狀態處分的法院提出起訴證明，如逾期未為，法院得依聲請或依職權撤銷該裁定（智審法第52條第4項、第71條第1項）。
智慧財產刑事案件第一審、第二審是由地方法院專庭(股)或智慧財產及商業法院智慧財產法庭審理，均具專業能力，依智慧財產案件審理法第63條規定，除有特別規定外，受理智慧財產刑事訴訟的各審級法院刑事庭，就其附帶民事訴訟，原則上應自為裁判，不得以裁定移送民事庭審理，如有違反，應於該裁定送達後10日內依職權撤銷；如逾期未撤銷，除受移送的民事庭已終結該訴訟外，前述不當移送的裁定亦視為撤銷。
（相關條文：智慧財產案件審理法第23條、第31條、第32條、第36條、第46條、第55條、第56條、第66條、第71條、第72條）
當事人提出的攻擊、防禦方法或卷宗、證物內容涉及營業秘密時，當事人或利害關係人得向法院聲請不公開審判。
（相關條文：智慧財產案件審理法第31條、第55條第1項、第71條第1項）
訴訟資料或卷證內容涉及營業秘密，當事人或利害關係人得向法院聲請不予准許或限制訴訟資料、卷證的閱覽（檢閱）、抄錄、攝影或重製。
（相關條文：智慧財產案件審理法第32條第1項、第55條第2項、第71條第1項）
（相關條文：智慧財產案件審理法第36條、第66條第1項、第34條第6項、第46條第6項、第71條第1項、第72條）
（相關條文：智慧財產案件審理法第72條）
為避免營業秘密外洩，兼顧當事人或利害關係人權益，營業秘密刑事案件及其附帶民事訴訟，對於構成犯罪事實或損害賠償事實的卷證資料，涉及當事人或利害關係人持有的營業秘密時，除有特別情形外，當事人或利害關係人於「第一次審判期日前」，得聲請法院就所涉營業秘密定去識別化的代稱或代號。
（相關條文：智慧財產案件審理法第56條）
查證報告書如涉及營業秘密內容，受查證人應於查證報告書影本或電子檔案「送達後14日內」，聲請法院裁定禁止向當事人開示查證報告書的全部或一部。
（相關條文：智慧財產案件審理法第23條第3項）
除「智慧財產案件審理法」有相關規定外，司法院另訂定有「智慧財產案件審理細則」、「法院辦理營業秘密案件閱卷及不公開審判辦法」及「法院辦理營業秘密案件應行注意事項」等子法，讓營業秘密審理在訴訟程序中的保護更為完備。
智慧財產案件常涉及高度專業的技術問題，我國參考日本「裁判所調查官」及韓國「技術審理官」制度，於智慧財產及商業法院設置「技術審查官」，引進各技術領域的專業人士協助審判。
法院得命技術審查官就執行職務成果製作報告書，並於法院認「有必要」時，公開報告書全部或一部分內容，讓當事人有適時陳述意見的機會，法院審理更公開透明。
(相關條文：智慧財產案件審理法第6條第2項、第3項)
