在選任完國民法官、備位國民法官以及完成宣誓之後，審判長會進行審前說明，接著會進入到審判程序，先確認被告的身分及檢察官起訴的事實，並讓被告及辯護人就檢察官起訴的事實表示意見。
接著檢察官及辯護人會進行開審陳述，說明調查的證據為何？待證的事項有哪些？證據與待證事實的關聯性？以及調查證據的順序，在確認之後，就會開始調查證據包含書證、物證及人證，也就是訊問證人。
證據調查完畢之後，進入到辯論程序，檢察官、被告及辯護人分別就事實與法律及科刑範圍表示意見，再由被告進行最後陳述。
辯論程序終結之後，進入到評議程序，法官會就評議相關規則及應注意的事項進行說明，國民法官會就案件的內容各自表示意見、交換想法，並依照法庭上所呈現的所有證據，確定被告究竟做了哪些行為？造成哪些後果？是否構成犯罪？犯了什麼罪？最後決定要量處的刑期(包含是否沒收)，在評議完成之後，會宣示判決，國民法官們的任務就完成了。
審判程序進行的流程如圖：
為了讓審理有效率、有計畫，會在審前的準備程序決定哪些證據可以調查，在國民法官加入後，進行正式審判時，原則上不會再加入新的證據來調查，但檢察官、被告、辯護人等為了證明犯罪事實是否存在，而認為有調查必要，並且在事前不知道有這個證據等例外的情況下，可能會額外聲請調查新的證據；因為涉及法律專業，也會由三位職業法官討論決定有沒有調查的必要。
當然，決定要不要調查新的證據，可能會與被告有無犯罪、刑度輕重的判斷有重要關係，所以職業法官們在決定前，也會聽取國民法官及備位國民法官的意見；國民法官、備位國民法官對於法官的決定有疑惑的話，也可以請求審判長解釋說明。
原則上，一旦被選上國民法官，就必須全程到庭，不可以中途退出。
但是在案件審理過程中，如果因為突發事件，使得國民法官無法繼續參與審判過程，法院仍然可以斟酌具體情形，裁定解任國民法官，由備位國民法官遞補擔任，讓案件能夠繼續審理。
由國民法官法庭成員（包括職業法官與國民法官）一起討論，並決定被告有罪或無罪，如果有罪該成立何罪，以及該判多重的刑罰。這是在調查所有證據，並聽取檢察官、被告及辯護人的主張及辯論後，經由討論及表決以做出判決結論的程序。
國民法官法庭是由職業法官與國民法官共同組成，全程共同審理後，再依據所形成的心證結果，作成判斷，因此法律賦予國民法官在審判程序中，有適時提出疑問的機會；職業法官針對證據能力、證據調查必要性等做決定時，也會聽取國民法官的意見。
尤其在終局評議時，身為主席的審判長會公平給予國民法官與職業法官自主陳述意見及充分討論之機會，使國民法官能站在與職業法官對等的立場上進行對話，一起檢視案件中所有重要爭點，最後共同做出判決。
根據《國民法官法》的規定，所有國民法官都必須在評議時表示自己對案件的意見，這樣才能夠充分展現國民法官制度的目的，讓多元的視野及經驗進入審判當中，因此您的意見不可或缺。
雖然在最後必須透過投票表決一個確定的結論，但在討論的過程中，您可以自由的表示意見，不必勉強與其他人表示相同意見，在過程中也可以隨時請求法官就法律上的疑義進行說明。
在討論的過程中，法官也將確保每一位國民法官都有充分表達自己意見的機會，確保國民法官發言的權利。
為使國民法官、備位國民法官得以空白的心證、公正的態度參與審判，《國民法官法》已規定審判長指揮訴訟時，應注意法庭上之言詞或書面陳述，有無使國民法官、備位國民法官產生偏見或預斷的疑慮，並隨時為必要的闡明、釐清。
例如：於論告或辯論程序中，檢察官或辯護人如果使用未經法院許可提出的資料（像是媒體對本案的報導），此時審判長就會積極行使訴訟指揮權，限制檢察官或辯護人使用此種資料，避免國民法官、備位國民法官的心證受到不當干擾及影響。
我國尚未廢除死刑，因此國民法官有可能會遇到法定最重刑罰為死刑的案件（例如：殺人、強盜放火、強盜致死等罪）。
在可能判處死刑的案件中，為了更慎重起見，必須先經過國民法官及職業法官共同投票達3分之2（即6票）以上同意，且國民法官及職業法官分別有至少1票同意，而認定有罪後；再以同樣的決議標準，包含國民法官及職業法官意見在內，經3分之2（即6票）以上同意，才可以判處死刑。
量刑投票的結果，必須達到過半數的同意票數才算成立(票數必須包含國民法官及職業法官)，而死刑則必須達2/3以上同意才能成立，如果都沒有達到門檻，那麼將會把「最不利於被告」的刑度票數，算入「次不利」的票數內，直到達到上述門檻。可參考附圖如下:
經國民法官參與審判的案件，被告或檢察官仍然可以上訴表示不服，但國民法官法要求上訴審法院應本於國民參與審判制度之宗旨，儘量尊重國民法官參與審理的判決，不宜輕易推翻國民法官法庭判決結果。
而且相比於一般案件的上訴要件，國民法官法設有更為嚴格的上訴條件，因此，要推翻國民法官法庭做出來的判決，難度也會提高許多。
雖然法律上並沒有限制國民法官、備位國民法官在休息時間觀看相關的新聞報導，但是必須特別注意的是，「報導終究只是報導」只能參考用，不能當作認定的證據，必須依照在法庭上呈現的證據來做認定。
在審前說明中，職業法官會提醒「國民法官於開庭期間返家後，請不要與任何人討論該案件，亦請不要搜尋與該案相關的新聞、報導或資料」，避免受到媒體輿論影響，進而影響判決；另外，在審判過程中，審判長可能會提醒大家不要去接觸或檢索有關的新聞報導。
無論是國民法官還是職業法官，都必須共同維護公平審判。因此，擔任國民法官時，不能因為性別、種族、地域、宗教、國籍、年齡、身體、性傾向、婚姻狀態、社會經濟地位、政治關係、文化背景或其他因素，而有偏見、歧視、差別待遇或其他不當行為。這樣的要求，和職業法官是一樣的喔！
每一位國民法官在就任時，都會被充分告知其權利與義務；在審理過程中，國民法官都會充分了解這個職位的重要性與其必須遵守的規範。
依國民法官法規定，國民法官如果收受賄賂，不僅是交付賄賂的人會受到處罰（1-7年有期徒刑，及新臺幣100萬元以下罰金），國民法官也會受到嚴厲的處罰（3-10年有期徒刑，及新臺幣200萬元以下罰金）；如果有人為了施壓國民法官而犯罪（例如：恐嚇、妨害自由），則要加重處罰，這些罰責都是為了維持審判的公正。
國民法官必須嚴守評議秘密。
因為在不公開的評議程序中，大家針對案件所陳述的意見、討論的經過，這些內容一旦公開，恐怕將引來外界討論、批評，如此將引發「寒蟬效應」，讓大家不敢表示自己真正的想法，不利於未來國民法官在評議過程中自由交換意見。
此外，國民法官職務上知悉他人隱私秘密，即便與案件無關，也必須保密，不得洩漏出去。而這個保密義務是終身的，也就是一輩子都不能告訴任何人喔。
您可以公開的分享擔任國民法官後的經驗與感想，甚至是出一本自傳，但是絕對不能透露有關其他國民法官及被告、被害人、證人等人的任何不應公開個人資訊，更不能透露「評議秘密」，包含評議中誰表示了什麼意見、投票的結果，以及討論的過程。
國民法官有8大義務：
國民法官如果違反義務，不僅不能再繼續擔任國民法官，而且還可能會受到相應的處罰喔！
為了讓國民能夠安心參與審判，有關機關將會提供各項協助，例如：結合在地資源，提供臨時托育、照護服務等，依照國民法官的個別需求，給予適當且實質的支援。讓上有長輩、下有幼兒的國民也能無後顧之憂地擔任國民法官。法院在寄發通知時，會詢問您有無托育、照護等相關需求，若有請務必勾選，讓法院知道喔！
各地方法院是根據戶籍登記資料，隨機抽選出在該法院管轄區域內居住至少4個月以上的國民，成為備選國民法官，所以只有在您原本戶籍所在地的法院審理的國民法官案件，會通知您前往參與審判，不會有其他的法院請您前往參與審判。
如果真的遇到實際住處離法院很遠的情形，也不用太擔心，只要您的主要居住地是在臺灣地區，並提出相關的居住證明，法院會補助您從居住地前往法院所需要支出的交通費；如果有必要，法院也會協助安排住宿。有任何疑問或需求，都可以隨時與法院聯繫洽詢喔！
國民法官、備位國民法官及受通知到庭的候選國民法官，法院均會依照到庭的日數核實支給日費、旅費（交通費、有必要時提供住宿費）及其他相關必要的費用。
國民法官、備位國民法官： 原則每日可領3,000元
受通知到庭的候選國民法官：原則可領1,500元
無論是國民法官、備位國民法官、候選國民法官，其所屬的個人資料(例如姓名、身分證統一編號、出生年月日、地址等足以辨別個人之資訊)都將會保密，所以在法庭上也不會揭露國民法官、備位國民法官、候選國民法官的相關資料，都是以數字為代號當作稱呼。如果有人試圖影響國民法官、備位國民法官、候選國民法官及他們的家屬，而有不當接觸或關說、賄賂等，都將是觸法行為，會受到刑罰的處罰。
國民法官的姓名與住所是不會公開的，法庭上也不能拍照。在評議時，無論國民法官陳述哪些意見，都會保密、不會公開。法官也會斟酌情形，給予國民法官必要的保護措施。
此外，為了保障國民法官的安全，凡是為妨害國民法官行使職權或報復國民法官的目的，而對國民法官或他（她）的特定親屬實行犯罪，均會加重處罰。
若法院認為特定案件行國民參與審判，有可能會危害到國民法官或他（她）的特定親屬，也可以例外不行國民法官審判，而由職業法官負責審理。
