本館依「司法博物館組織規程」，置館長一人，綜理館務，由司法院副秘書長兼任；置副館長一人，襄助館長處理館務，由司法院新聞及法治宣導處處長兼任。

本館掌理事項如下：

• 臺灣司法史料與歷史文物之研究、蒐集、典藏、保存及維護。
• 臺灣司法展示之主題設計、陳列製作、規劃執行及展示空間之管理維護。
• 臺灣司法之教育推廣、導覽服務及國內外館際合作。
• 其他有關臺灣司法文化業務之推動。