1897年日人將臺灣縣縣學與萬壽宮合併，加以增建，是為第一代臺南地方法院廳舍。後因空間不敷使用，擇定在馬兵營一帶興建法院新廳舍，由建築師森山松之助設計，於1912年（明治45年）動工，1914年（大正3年）竣工，為第二代臺南地方法院，即現今的司法博物館。1991年經內政部公告為二級古蹟，1997年變更為國定古蹟，為臺灣現存唯一日治時代大型地方法院建築。

      司法博物館原自日治時期起一直做為法院使用，至1999年開始籌設為「司法文物陳列館」、2001年考量「文物陳列館」一詞，予人靜態陳列文物之印象，較難吸引民眾參觀，遂改為籌設「司法博物館」作為推動目標，2016年起開放參觀，以落實全民共享及推廣法治教育的功能與目標。2024年由司法院接管。